南京港具有悠久的历史，早在公元 229 年三国东吴时期南京港已成为“江道万里，通涉五洲，朝贡商旅之所往来”的通海港口。
明代为都城门户港，近代为帝国主义争夺控制的重点港。1858年《天津条约》定为通商口岸。1882年招商局在下关设置了第一座轮船码头。1897年清政府批准开南京为通商口岸。1912年津浦铁路通车后，南京港以水陆中转为主。解放前夕，南京港区的长江两岸还是自然土坡，码头简陋零散，无统一管理机构。战争导致南京港设施遭到严重破坏，南京港基本处于瘫痪状态。
1954年成立了南京港务局统管了港区两岸的有关码头、仓库。从1949年南京港通过能力107．5万吨，发展到1962年上升到了888.6万吨。1963年开始兴建机械化煤码头"两台翻车机"（火车皮整箱翻卸），标志着南京港步入机械化港口行列。到1965年先后两期工程竣工投产，使得港口年通过能力达到了1188.6万吨。
1978 年油港开业，南京港成为我国内河最大油港。 1984 年新生圩外贸港区建成，南京港成为我国内河最大的外贸港口，标志着南京港由传统的以能源中转为主的内河港向开放型多功能江海型主枢纽港口转变。 1987 年中美合资的南京国际集装箱装卸有限公司成立，南京港成为我国内河专业化程度最高的集装箱港口； 1990年南京港惠宁码头有限公司成立南京港成为我国内河最先进的专业化散货装卸港口，南京港已初步成为以能源、外贸和集装箱运输为主，公用码头和货主码头并重，功能比较齐全的大型综合性港口，在长江三角洲地区的港口群体中发挥着重要作用。
港口的功能不断拓宽 , 船货代理、外轮理货、江海水运、港机制造、港务工程、车船修理、广告音像、房地产开发、港区加工等多元产业的格局已经形成。“为了一切货主，为了货主的一切，一切为了货主”已牢固地树立为南京港职工的经营准则。港口连续十年被部、省、市评为文明单位。 1992 年 6 月，南京港加入国际港口协会，成为我国大陆首批正式会员港之一。
今天的南京港已成为我国华东地区及长江流域江海换装、水陆中转、货物集散和对外开放的多功能江海型港口。南京港立足华东地区和长江流域、面向世界，成为现代化、多功能的江海型主枢纽港；并与上海国际航运中心协同发展，成为中国国家长江航运中心和国家现代物流中心。
